Las obras se iniciaron a buen ritmo y en mayo de 1911 se había abierto la cripta al culto. Las obras se detuvieron durante la Guerra Civil, y en los años inmediatamente posteriores se empezó a cuestionar la pertinencia del lenguaje elegido por Cubas y su relación con el entorno, en particular con la arquitectura barroca del Palacio Real. Por esto en 1944 el Marqués de Lozoya, entonces Director General de Bellas Artes, convocó un concurso para dar una nueva solución arquitectónica a la catedral, siendo elegida la propuesta de Carlos Sidro y Fernando Chueca, quienes dan al exterior un aspecto historicista, inspirado por las arquitecturas de los Austrias, con un lenguaje que deriva del manierismo y primer barroco y que se relacionaría con el Palacio por la utilización de los mismos materiales. Una suerte de híbrido entre exterior clasicista e interior gótico. Con este impulso y la voluntad política para acabarlo, se pudo concluir el templo en 1993.